Francesco Fanna ha studiato violino al Conservatorio G. Verdi di Milano con Paolo Borciani, Composizione con Franco Donatoni, Niccolò Castiglioni, Danilo Lorenzini e Gianfranco Maselli, Musica corale e Direzione di coro con Franco Monego, e Avviamento al teatro lirico con Umberto Cattini.

Si è diplomato in Direzione d’orchestra sotto la guida di Mario Gusella e, successivamente, di Michele Marvulli e Donato Renzetti, seguendo corsi di perfezionamento a Nizza, Assisi, Trieste e Roma, con insegnanti quali Carlo Maria Giulini (Accademia Chigiana di Siena) e Leonard Bernstein (Accademia di Santa Cecilia di Roma).

Ha diretto in Italia, Francia, Svizzera, Austria, Germania, Inghilterra, Romania, Repubblica Ceca, Argentina, Brasile, Corea, Giappone, spaziando dagli autori dell’epoca barocca a quelli contemporanei.

Ha debuttato in campo operistico nel 1993 a Monaco di Baviera con Rigoletto di Verdi, dirigendo in seguito sia opere del grande repertorio, sia produzioni di più rara esecuzione.

Ha inciso per la Televisione Cecoslovacca e per le case discografiche Lupulus, Discover, Arkadia, Agorà, Stradivarius e Dynamic.

È stato Direttore stabile e artistico dell’Orchestra Filomusica del Cenacolo Musicale Ambrosiano, collaboratore musicale dell’Orchestra e Coro della Nuova Polifonica Ambrosiana – con la quale ha effettuato alcune tournées in Inghilterra, Corea e Giappone – e Direttore artistico dell’Orchestra G. Cantelli di Milano nella stagione 2002-2003.

Negli anni 1996 e 1997 è stato consulente artistico per la musica classica della casa discografica Nuova Fonit Cetra della Rai, dal 1998 al 2002 Direttore artistico della stagione musicale I Concerti delle Terme di Sirmione, e dal 2005 della Compagnia per la musica sacra di Milano.

Dal 1997 è Direttore dell’Istituto Italiano Antonio Vivaldi della Fondazione Giorgio Cini di Venezia, che, fondato nel 1947, ha pubblicato tutta la musica strumentale e vocale di Antonio Vivaldi, dedicandosi, in particolare, negli anni più recenti, all’edizione critica dei Drammi per musica.